Die JGU ist eine internationale Forschungsuniversität mit weltweiter Anerkennung. Dieses Renommee verdankt sie sowohl ihren herausragenden Forscherpersönlichkeiten als auch ihren exzellenten Forschungsleistungen in der Teilchen- und Hadronenphysik, den Materialwissenschaften, der translationalen Medizin, den Lebenswissenschaften, den Mediendisziplinen und den historischen Kulturwissenschaften.
Ihre Forschungsstärke konnte die JGU in der letzten Exzellenzinitiative mit der Auszeichnung von PRISMA als Exzellenzcluster und der Fortführung der Graduiertenschule MAINZ erfolgreich unter Beweis stellen. Zwei Forschungszentren und neun Forschungsschwerpunkte repräsentieren darüber hinaus die stärksten wissenschaftlichen Bereiche der Universität.
Während der ersten Phase der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder wurde im Jahr 2007 das Gutenberg Forschungskolleg (GFK) eingerichtet – ein zentrales strategisches Instrument zur Förderung der Spitzenforschung und der interdisziplinären Vernetzung der Spitzenforschungsbereiche an der JGU. Mit seinem interdisziplinär besetzten Leitungsgremium berät das GFK das Präsidium der JGU in strategischen Fragen.
Als Zentrum der wissenschaftlichen Forschung in Rheinland Pfalz ist die JGU eng mit regionalen, überregionalen und internationalen Partnern aus Wissenschaft, Kultur und Wirtschaft vernetzt wie mit der Akademie der Wissenschaften und der Literatur Mainz, dem Römisch-Germanischen Zentralmuseum (RGZM), dem in Darmstadt ansässigen GSI Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung, dem Leibniz-Institut für Europäische Geschichte (IEG) und den Max-Planck-Instituten für Chemie und Polymerforschung.
Mit internen Finanzmitteln unterstützt die JGU über die Inneruniversitäre Forschungsförderung (Stufe 1) Nachwuchswissenschaftlerinnen und Nachwuchswissenschaftler bei der Einwerbung von Drittmitteln. Darüber hinaus können Zuschüsse zu Tagungsreisen, Veranstaltungsorganisation und Druckkosten beantragt werden.
Über die finanzielle Förderung hinaus werden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der JGU durch die Abteilung Forschung und Technologietransfer bei der Einwerbung von Drittmitteln z.B. der EU oder der DFG beraten und unterstützt.